EasyVectorOmics

Die Quantifizierung der Genexpression ist ein wesentliches Instrument in den Biowissenschaften, das z. B. zum Verständnis von Krebserkrankungen eingesetzt wird. Um herauszufinden, welche molekularen Funktionen bei einer genetischen Reaktion entscheidend sind, werden hierbei Gene identifiziert, die eine signifikante Zunahme oder Abnahme der Expression aufweisen, wenn man z. B. gesundes mit krankem Gewebe vergleicht. So werden wichtige genetische Reaktionen oder Profile als signifikante Veränderungen identifiziert. Eine Vektoranalyse der Genexpression, im Kontext von Genfamilien, liefert wichtige Einblicke in die Evolution neuer Funktionen. In einem vorherigen Projekt entwickelte die Gruppe um Prof. Hallab das Visualisierung und Analyse Tool Gene Expression Plotter (GXP). Es ermöglicht Wissenschaftler:innen, die Genexpression auf einfache Weise zu analysieren und zu visualisieren, indem es eine Vielzahl verschiedener interaktiver wissenschaftlicher Plots zur Unterstützung der Hypothesenbildung und -überprüfung bietet. Im Projekt EasyVectorOmics wird die entwickelte Methode verallgemeinert und mithilfe effizienter linearer Algebra-Algorithmen für den Einsatz in vergleichenden Genomik-Projekten implementiert.