Nominierung und Auswahl für den Carl-Zeiss-Humboldt-Forschungspreis erfolgt im Humboldt-Forschungspreisprogramm. Eine Nominierung über die Carl-Zeiss-Stiftung ist nicht möglich. Anträge können ganzjährig eingereicht werden.
Mit der Ausschreibung ermöglicht die Carl-Zeiss-Stiftung interdisziplinären Forschungsgruppen, eine gemeinsame Idee über zwei Jahre hinweg zu verfolgen. Dabei wird den beteiligten Wissenschaftler:innen maximaler Freiraum geboten.